第一种处理方式：合同附条件

根据《上海市人民政府关于预售商品房转让问题的决定》，在卖方尚未取得房地产权证之前，买卖双方可以在房屋买卖合同中附上合同生效的条件。买方在签订合同时被告知尚未取得小产证，待卖方取得房地产权证后，及时办理房屋交易过户手续。根据我国《合同法》第45条规定，当事人对合同的效力可以约定附条件。附生效条件的合同，在条件成就时生效。如果卖方恶意不办理房地产权证并主张与买方签订的房屋买卖合同无效时，根据《合同法》第45条规定，如果当事人为自己的利益不正当地阻止条件成就，视为条件已成就。因此，买方可以要求卖方继续履行房屋买卖合同，并要求赔偿违约行为所造成的经济损失。

第二种处理方式：意向协议书

买卖双方可以先签署购买房屋的意向协议书，约定待卖方房地产权证办理完毕后，双方再签署正式的上海市房地产买卖合同以及办理过户手续。

建议

由于期房转让限制较多、变数不定，建议买卖双方在房屋买卖合同或意向协议书中增加违约责任条款，提高违约金金额，加大违约成本，限制恶意违约，以最大限度保护自己的合法权益。