年终奖扣税公式是： 1、发放年终奖的当月工资高于5000时，年终奖个人所得税=年终奖*税率-速算扣除数； 2、当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=（年终奖-5000-月工资））*税率-速算扣除数。

法律依据

《《中华人民共和国个人所得税法》》第二条   下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：   （一）工资、薪金所得；   （二）劳务报酬所得；   （三）稿酬所得；   （四）特许权使用费所得；   （五）经营所得；   （六）利息、股息、红利所得；   （七）财产租赁所得；   （八）财产转让所得；   （九）偶然所得。   居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。