公务员探亲假扣工资不合法，因为根据《工资支付暂行规定》，明确规定了，劳动者依法享受探亲假丧假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

法律依据

《《中华人民共和国劳动合同法》》第三十条   【劳动报酬】用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。   用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。