当事人对证据有疑问时的处理方式

当事人对另一方当事人的陈述和证据提出质疑

在法庭调查过程中，如果一方当事人对另一方当事人陈述的某些事实存在疑问，或者认为其他证据需要进一步证实，可以在经过审判长同意后，向对方当事人提出询问。此外，当事人还有权在庭审过程中提出新的证据。

当事人对证人证言的异议

当事人对证人的证言存在异议时，在证人陈述完毕后，经过法庭许可，可以对证人进行询问，要求证人进行补充和解释，或者对其证言提出不同意见。然而，如果当事人的询问属于无理纠缠，审判人员有权制止。证人在经过法庭许可后，应当回答当事人的询问。

当事人对鉴定结论和勘验笔录的质疑

当事人对鉴定结论和勘验笔录存在疑问时，在宣读鉴定结论和勘验笔录后，经过法庭许可，可以向鉴定部门、鉴定人或者勘验人提出询问。鉴定部门、鉴定人或者勘验人应当回答当事人的问题。

当事人对书证、物证、视听资料、鉴定结论和勘验笔录的质疑

当事人认为书证、物证、视听资料、鉴定结论或者勘验笔录存在错误或者不能证明案件的真实情况时，可以向法庭请求重新进行调查、鉴定或者勘验。人民法院在审查当事人的请求及其理由后，如果认为请求合理，将宣布本案延期审理，并重新进行调查、鉴定或者勘验。如果认为请求无理，法庭将口头驳回，并继续进行案件的审理工作。

排除非法证据的调查程序

根据《关于办理刑事案件排除非法证据若干问题的规定》，法庭在处理排除非法证据的案件时，应进行以下调查程序：

要求公诉人提供相关证据

法庭有权要求公诉人提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据，并通知讯问时的其他在场人员或者其他证人出庭作证。

调查刑讯逼供嫌疑

如果仍然不能排除刑讯逼供的嫌疑，公诉人应提请法庭通知本案讯问人员出庭作证。

质证和辩论被告人供述的合法性

控辩双方可以对被告人供述的合法性进行质证和辩论。

无证据证明的供述不能作为定案根据

如果公诉人无法提供足够确实、充分的证据来证明被告人供述的合法性，或者公诉人未提供证据加以证明，被告人的供述将不能作为定案的根据。