行政复议和行政诉讼的适用条件

根据第88条第1款的规定，在本案中，应适用行政复议的规定。行政复议应作为首要程序，只有在对行政复议决定不服的情况下，才能提起行政诉讼。

复议机关的选择

根据行政复议法第12条和税收征收管理法第88条的规定，应以市国家税务局为复议机关。需要注意的是，国税机关属于垂直领导机关，因此复议机关只能是上一级主管部门。

行政复议的撤销、变更和确认

根据行政复议法第28条第1款第(三)项的规定，具体行政行为在以下情形之一时，决定可以撤销、变更或者确认该具体行政行为违法，并可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为：1. 主要事实不清、证据不足；2. 适用依据错误；3. 违反法定程序；4. 超越或滥用职权；5. 具体行政行为明显不当。

复议决定和行政诉讼中的被告

根据行政诉讼法第25条第2款的规定，经复议的案件，如果复议机关决定维持原具体行政行为，那么作出原具体行政行为的行政机关是被告；如果复议机关改变原具体行政行为，那么复议机关是被告。根据行诉解释第7条的规定，复议决定有以下情形之一时，属于行政诉讼法规定的“改变原具体行政行为”：1. 改变原具体行政行为所认定的主要事实和证据；2. 改变原具体行政行为所适用的规范依据且对定性产生影响；3. 撤销、部分撤销或者变更原具体行政行为处理结果。

根据以上规定，本案中应以复议机关为被告。

行政复议决定改变纳税义务人的情形

在行政复议决定改由药厂缴纳税款的情况下，于某已经不再具有原告资格，药厂可以提起行政诉讼，而于某可以作为第三人参加诉讼。

被告不得自行收集证据

根据行政诉讼法第33条的规定，在诉讼过程中，被告不得自行向原告和证人收集证据。因此，在本案中，县国税局自行收集证据证明于某与厂方确系委托代理关系而改变所作具体行政行为的做法是非法的。

案情回放

于某受某厂指派在本县范围内收购药材2万斤，厂方提供了介绍信、营业执照副本。于某收购后未向税务机关纳税。县国家税务局知悉后即作出决定，要求于某缴纳税款5000余元。于某不服，认为自己是接受本厂的指派，与该厂是委托关系，其税款应当由厂方缴纳。县国税局未采纳于某的意见，坚持要求于某纳税。

问题

问题1：于某能否直接提起行政诉讼？为什么？

答：不能。根据适用法律规定，纳税人与税务机关在纳税问题上发生争议时，应先缴纳税款及滞纳金或提供相应担保后，才能提起行政复议。只有对行政复议决定不服的情况下，才能提起行政诉讼。

问题2：如果于某提起复议申请，应以何者为复议机关？

答：应以市国家税务局为复议机关。

问题3：如果复议审查认定于某与厂方关系系委托代理关系，对此复议机关应作如何处理？

答：复议机关可以作出以下处理：1. 确认县国税局决定违法，可以责令其重新作出决定；2. 撤销县国税局决定，可以责令其重新作出决定；3. 直接变更县国税局的决定。

问题4：如果经复议后，复议机关改变原纳税决定所认定的主要事实，但对决定内容并无改变，于某提起行政诉讼，应以谁为被告？

答：应以复议机关为被告。

问题5：如果复议机关改变原纳税决定由厂方缴纳税款，厂方不服，欲提起诉讼，厂方与于某的诉讼地位应如何确定？

答：厂方可以作为原告提起行政诉讼，于某则作为诉讼的第三人。

问题6：如果县国税局在诉讼过程中收集证据证明于某与厂方确系委托代理关系而改变所作具体行政行为，这种做法有无法律依据？为什么？

答：这种做法没有法律依据。根据行政诉讼法的规定，被告在诉讼期间不得自行向原告和证人收集证据。