依据相关法律的规定，监测机构对建筑工程质量进行监测时，如果发现工程质量不合格的，要及时报告工程所在地建设主管部门。

根据《建设工程质量检测管理办法》第十九条的规定，检测机构在进行建筑工程质量监测过程中，应当及时向工程所在地建设主管部门报告以下情况：建设单位、监理单位、施工单位违反有关法律、法规和工程建设强制性标准的情况；涉及结构安全检测结果的不合格情况。

房屋主体结构质量不合格的认定

一、房屋交付前未经验收

根据现行法律规定，在房屋建成后交付使用之前，建设单位应当组织勘察、设计、施工、监理等各方对工程质量进行验收。验收合格的情况下，应签署质量合格文件，并向规划、公安消防、环保部门申请检查，并取得认可文件或准许使用文件。最后，建设单位应向工程所在地的建设行政主管部门备案，取得房屋建设工程竣工验收备案表。根据《建筑法》的规定：“建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。”对于这两种情形，购房人应当在办理商品房交接入住手续时，要求出卖人出示由建设、勘察、设计、施工、监理五方共同出具的《工程竣工验收报告》和消防验收合格证明，以核验工程是否经过验收合格。如果出卖人无法提供上述文件，说明该工程未经验收或者验收不合格，购房人有权拒绝收房，并由出卖人承担因此引起的延期交房责任。如果出卖人超过约定的期限仍未能完成验收合格，购房人可以解除合同并要求赔偿损失。

二、房屋交付使用后房屋主体结构质量经核验确属不合格

如果购房人在商品房交付使用后怀疑并认为房屋主体结构存在质量问题，可以根据相关规定委托具备相应资质的工程质量检测机构重新核验。如果核验结果确认房屋主体结构质量不合格，购房人有权退房。如果购房人因此遭受损失，房地产开发企业应依法承担赔偿责任。需要注意的是，委托核验的工程质量检测机构必须具备相应的资质，并且委托检测机构的选择需要经过买卖双方协商一致。如果双方无法达成一致，应申请法院指定检测机构。否则，单方委托的检测机构如果未得到另一方的认可，其检测结果将没有法律效力。