医疗机构强制隔离治疗的，应当按时发放工资。《中华人民共和国传染病防治法》第四十一条：“对已经发生甲类传染病病例的场所或者该场所内的特定区域的人员，所在地的县级以上地方人民政府可以实施隔离措施，并同时向上一级人民政府报告;接到报告的上级人民政府应当即时作出是否批准的决定。上级人民政府作出不予批准决定的，实施隔离措施的人民政府应当立即解除隔离措施。在隔离期间，实施隔离措施的人民政府应当对被隔离人员提供生活保障;被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。”该法第三十九条规定的是医疗机构采取强制隔离治疗措施，针对的是患者或疑似患者;第四十一条规定的是政府实施隔离措施，针对的是发病过的场所的人员。但隔离期间继续支付报酬仅规定在本条，并未规定在第三十九条，也没有规定适用于第三十九条。