一、申请书的提交

根据《民事诉讼法》的规定，劳动者在向人民法院申请支付令时，需要提交申请书，其中应明确请求给付的具体数额以及相关的事实和证据。相比之下，《劳动争议调解仲裁法》要求劳动者一般只需提供调解协议书。

二、管辖问题

根据《民事诉讼法》的相关规定，申请支付令的管辖法院应根据合同纠纷的原则执行。调解协议具有合同性质，因此劳动者可以根据合同履行地或用人单位所在地的基层人民法院的管辖权来申请支付令。如果有多个法院都具备管辖权，劳动者可以根据《民事诉讼法》的规定选择其中任何一个法院申请支付令，由最先受理的法院处理。

三、受理程序

根据《民事诉讼法》的规定，债权人提出申请后，人民法院应在五日内通知债权人是否受理。因此，劳动者在提出申请后，法院应在五日内通知其是否受理。一般情况下，申请支付令属于《劳动争议调解仲裁法》列举的范围，法院应当受理。

四、审查和决定

根据《民事诉讼法》的规定，人民法院在受理申请后，经审查债权人提供的事实和证据，如果债权债务关系明确且合法，应在受理之日起十五日内向债务人发出支付令；如果申请不成立，应予以驳回。在劳动争议案件中引入支付令制度的目的是简化程序、尽快解决劳动争议，实现劳动者的劳动债权。由于劳动者申请支付令的依据是与用人单位达成的调解协议，双方权利义务关系相对明确，因此法院只需审查调解协议的合法性，一般只进行书面审查，不需要询问当事人和开庭审查。如果法院经过书面审查认为调解协议合法，应在十五日内向用人单位发出支付令；如果调解协议不合法，就应予以驳回，例如违反国家法律法规的强制性规定，属于无效的情况，法院不能发出支付令，应予以驳回。

五、清偿或书面异议

根据《民事诉讼法》的规定，债务人应在收到支付令之日起十五日内清偿责任，或向人民法院提出书面异议。因此，支付令发出后，用人单位要么按照支付令的要求向劳动者支付拖欠的劳动报酬，要么书面提出异议。由于发出支付令前，法院没有对事实进行全面审查，也没有要求被申请人进行答辩，为了维护被申请人的合法权益，《民事诉讼法》规定债务人可以提出书面异议进行抗辩。因此，用人单位可以对法院发出的支付令提出书面异议，如果异议成立，法院将裁定终结督促程序，支付令自行失效。

六、申请执行

如果用人单位既不提出异议，又不履行支付令，劳动者可以依据《民事诉讼法》的规定向人民法院申请强制执行。法院将按照民事诉讼法规定的执行程序进行强制执行。