公司能不能注销跟申请仲裁之间并无任何联系。公司只要达到公司注销的条件就可以注销，即使你不申请仲裁它也会注销，没达到注销条件你再怎么申请仲裁也不会注销。

法律依据

《企业法人登记管理条例》第二十条　

企业法人歇业、被撤销、宣告破产或者因其他原因终止营业，应当向登记主管机关办理注销登记。

《企业法人登记管理条例》第二十一条　

企业法人办理注销登记，应当提交法定代表人签署的申请注销登记报告、主管部门或者审批机关的批准文件、清理债务完结的证明或者清算组织负责清理债权债务的文件。经登记主管机关核准后，收缴《企业法人营业执照》、《企业法人营业执照》副本，收缴公章，并将注销登记情况告知其开户银行。