违反户籍管理制度的行为

公务员被查出持有两个身份证是违反了户籍管理制度的行为。根据《行政机关公务员处分条例》的相关规定，公务员是否会被开除公职需要根据具体情况来定夺。

相关法律规定

根据《行政机关公务员处分条例》第十八条的规定，以下行为之一将受到相应处分：记大过处分、降级或撤职处分、开除处分。1. 散布有损国家声誉的言论，组织或参加旨在反对国家的集会、游行、示威等活动；2. 组织或参加非法组织，组织或参加罢工；3. 违反国家的民族宗教政策，造成不良后果；4. 以暴力、威胁、贿赂、欺骗等手段破坏选举；5. 在对外交往中损害国家荣誉和利益；6. 非法出境，或违反规定滞留境外不归；7. 未经批准获取境外永久居留资格，或取得外国国籍；8. 其他违反政治纪律的行为。

具体情况决定处分

根据前款第六项规定的行为，将给予开除处分；对于前款第一项、第二项或第三项规定的行为，如果属于不明真相被裹挟参加，并经过批评教育后确有悔改表现的，可以减轻或免予处分。

因此，公务员被查出持有两个身份证的情况，是否会被开除公职，需要根据具体的情况来决定。根据《行政机关公务员处分条例》的规定，违反户籍管理制度属于违反政治纪律的行为之一。具体的处分将根据情节的轻重来决定，可能是记大过处分、降级或撤职处分，或者是开除处分。但是，如果公务员是不明真相被裹挟参加，并且经过批评教育后确有悔改表现，可能会减轻或免予处分。