一、特殊原因导致管辖权不能行使

根据《民诉法》第37条规定，有管辖权的人民法院由于特殊原因无法行使管辖权，分为事实上和法律上的原因。事实上的原因包括不可抗力的情况，如地震、水灾等自然灾害导致无法行使管辖权。法律上的原因则指受诉法院的审判人员因当事人申请回避或者审判人员自行回避，无法组成合议庭进行审理。在出现上述情况之一时，应由上级人民法院在其辖区内指定其他适宜的人民法院行使管辖权。

二、管辖权发生争议

当人民法院之间发生管辖权争议时，双方应进行协商解决。如果协商无果，则应向它们的共同上级人民法院报请指定管辖。管辖权争议可能由于辖区界限不明或对法律规定理解不一致而引起，也可能是因地方保护主义追求局部经济利益而争夺。无论是何种原因引起的争议，双方应通过协商解决，协商不成时应向共同上级人民法院报请指定管辖。根据《意见》的规定，当发生管辖权争议的两个人民法院为同属一个地、市辖区的基层人民法院时，由该地、市的中级人民法院及时指定管辖；当双方为同属一个省、自治区、直辖市的人民法院时，由该省、自治区、直辖市的高级人民法院及时指定管辖；如果双方为跨省、自治区、直辖市的人民法院，且高级人民法院协商不成时，由最高人民法院及时指定管辖。在向上级人民法院报请指定管辖时，应按照逐级进行的原则进行。上级人民法院在依照《民事诉讼法》第37条的规定指定管辖时，应书面通知报送的人民法院和被指定的人民法院，报送的人民法院应及时告知当事人。

三、当事人对管辖权有异议的处理

根据《民诉法》第127条规定，当事人在提交答辩状期间对管辖权有异议的，应及时提出。人民法院对当事人提出的异议应进行审查。如果异议成立，则裁定将案件移送有管辖权的人民法院；如果异议不成立，则裁定驳回。通过以上规定，可以明确指定管辖的两种情况，以及处理管辖权争议和当事人对管辖权异议的程序和原则。这些规定有助于确保案件在适当的人民法院进行审理，维护司法公正和当事人的合法权益。