公司清算资金的处理方式：在优先清偿破产费用和共益债务后，依照所欠员工工资、医疗、伤残补助、抚恤费用、社会保险费、补偿金、基本养老保险等，优于其他社会保险费和税款，优于普通的破产债权的顺序进行清偿，若还有剩余的，则由股东按照出资比例分配。

法律依据

《《中华人民共和国企业破产法》》第一百一十三条   破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：   （一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；   （二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；   （三）普通破产债权。   破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。   破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。