一、主观故意的差异

战时窝藏逃离部队军人罪的主观故意在于使逃离部队的军人免受部队和其他相关部门的搜查，目的是为了窝藏；而雇用逃离部队军人罪的主观故意则是为了利用逃离部队的军人的劳动力。虽然两者在客观行为上都可能提供住宿和财物，但雇用逃离部队军人罪的目的是让逃离部队的军人为自己服务，因此在被有关部门调查时，行为人通常不会提供虚假信息，而战时窝藏逃离部队军人罪的行为人则通常会积极帮助被窝藏者隐匿。

二、客观行为的差异

战时窝藏逃离部队军人罪的行为人一般无偿提供隐蔽场所和财物，并不要求被窝藏者提供劳动力作为回报。行为上通常表现为暗中帮助逃离部队的军人隐匿并帮助其逃跑；而雇用逃离部队军人罪的行为人则是有偿雇佣他人为自己服务，不一定提供住宿场所。

三、时间要求的差异

战时窝藏逃离部队军人罪必须发生在战时；而雇用逃离部队军人罪则没有这一要求，可以发生在战时也可以发生在平时。

四、与窝藏罪的区别

1、主观要件的差异：战时窝藏逃离部队军人罪的主观要件是明知是军人且为逃离部队的军人而仍决意窝藏；而窝藏罪的主观要件是明知是犯罪者而决意窝藏。2、犯罪对象的差异：战时窝藏逃离部队军人罪的对象是逃离部队的军人，这些军人既可以是没有构成任何犯罪的军人，也可以是逃离部队罪或其他犯罪的军人；而窝藏罪的对象则不一定是军人，可以是军人也可以是非军人，但必须是犯罪人。3、时间要求的差异：战时窝藏逃离部队军人罪必须发生在战时；而窝藏罪则没有这一要求。4、客观要件的差异：战时窝藏逃离部队军人罪属于情节犯，行为必须达到情节严重的程度才构成犯罪；而窝藏罪则是行为犯，一般情况下，只要实施了窝藏行为，除非情节显著轻微且危害不大，都应以犯罪论处。情节严重是窝藏罪的一种加重处罚情节。5、侵害的客体不同：战时窝藏逃离部队军人罪侵害的客体是部队的作战秩序、兵役制度以及国家的国防利益；而窝藏罪通过妨害司法机关的正常活动来破坏社会管理秩序。当然，如果行为人在战时窝藏的逃离部队军人已构成逃离部队罪或其他罪行，那么他也触犯了窝藏罪，应当根据情况选择重罪进行从重处罚。