医疗纠纷赔偿协议的内容如下：患者基本情况：医疗机构的支付数额，相关款项的付款时间，以及在医疗机构依协议约定支付全部款项后，双方因患者医疗问题引起的所有事情即告终结的说明等。

法律依据

《《中华人民共和国民法典》》第一千二百一十八条   【医疗损害责任归责原则和责任承担主体】患者在诊疗活动中受到损害，医疗机构或者其医务人员有过错的，由医疗机构承担赔偿责任。

《《医疗事故处理条例》》第四十六条   发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。