案件背景

在2003年4月，A市人民政府组织了道路运输市场专项治理整顿活动。A市交通运输管理处稽查支队在A市人民路进行执法检查，发现某公司的面包车未办理营运手续。稽查支队以自己的名义对该公司做出了罚款1000元的行政处罚决定。

违法行为分析

根据行政处罚法的规定，行政处罚行为是否违法或不当，需要从行政行为的合法要件予以考查。行政行为合法要件包括行政主体合法、行为权限合法、行为内容合法、行为程序合法和行为形式合法。如果这五个要件中有一个不符合规定，即为违法。

行政主体合法性

《中华人民共和国行政处罚法》第十五条规定：“行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。”在本案中，A市交通运输管理处及其内设机构“稽查支队”都不具有独立的行政主体资格。因此，稽查支队不能以自己的名义实施行政执法职权，而必须以交通局的名义实施行政执法职能。

行为权限合法性

根据《中华人民共和国行政处罚法》第十八条第二款及第三款规定：“委托行政机关对受委托的组织实施行政处罚的行为应当负责监督，并对该行为的后果承担责任。”“受委托组织在委托范围内，以委托行政机关的名义实施行政处罚。”在本案中，A市交通运输管理处是受交通局委托进行行政执法的，稽查支队是其内设机构。因此，稽查支队没有行政处罚的权限。

结论

综上所述，稽查支队以自己名义做出行政处罚决定的行为是违法的。在本案中，稽查支队的行政处罚行为违反了行政主体合法性和行为权限合法性的要求。因此，该行政处罚决定应被撤销。