公司合并程序需要经过代表三分之二表决权的股东通过，之后报请政府批准、编制资产负债表及财产清单，并通知公告债权人，最后到工商机关办理变更登记。

法律依据

《《中华人民共和国公司法》》第六十六条   【国有独资公司股东权的行使】国有独资公司不设股东会，由国有资产监督管理机构行使股东会职权。国有资产监督管理机构可以授权公司董事会行使股东会的部分职权，决定公司的重大事项，但公司的合并、分立、解散、增加或者减少注册资本和发行公司债券，必须由国有资产监督管理机构决定；其中，重要的国有独资公司合并、分立、解散、申请破产的，应当由国有资产监督管理机构审核后，报本级人民政府批准。   前款所称重要的国有独资公司，按照国务院的规定确定。