处理农村占用农田建房纠纷，首先可以请人民政府进行处理，当事人对于人民政府的处理不服的，可以在规定时间内，向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

法律依据

《《国有土地上房屋征收与补偿条例》》第二十四条   市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。   市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。