劳动部门处理举报案件的程序：当事人举报后，符合受理条件的应当及时立案受理，对案件展开调查，并自立案之日起60个工作日内完成，结案后应建立档案。档案资料应当至少保存三年。

法律依据

《劳动和社会保障部关于实施<劳动保障监察条例>若干规定》第九条 劳动保障行政部门应当设立举报、投诉信箱，公开举报、投诉电话，依法查处举报和投诉反映的违反劳动保障法律的行为。 第十八条 对符合下列条件的投诉，劳动保障行政部门应当在接到投诉之日起5个工作日内依法受理，并于受理之日立案查处： （一）违反劳动保障法律的行为发生在2年内的； （二）有明确的被投诉用人单位，且投诉人的合法权益受到侵害是被投诉用人单位违反劳动保障法律的行为所造成的； （三）属于劳动保障监察职权范围并由受理投诉的劳动保障行政部门管辖。 第三十条 劳动保障行政部门对违反劳动保障法律的行为的调查，应当自立案之日起60个工作日内完成；情况复杂的，经劳动保障行政部门负责人批准，可以延长30个工作日。