行政诉讼的案件受理费，由败诉方承担。如果行政机关败诉的，由行政机关承担；如果行政相对人败诉的，由行政相对人承担；但是胜诉方自愿承担的，则由其承担；如果部分胜诉、部分败诉的，则法院来决定各自需承担的诉讼费用的数额。

法律依据

《《诉讼费用交纳办法》》第三十一条   经人民法院调解达成协议的案件，诉讼费用的负担由双方当事人协商解决；协商不成的，由人民法院决定。