合同诈骗罪的立案管辖机关是公安机关。刑事案件的侦查一般由公安机关进行，而案件进入审判阶段后，则由犯罪地的人民法院管辖，但由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。

法律依据

《《中华人民共和国刑事诉讼法》》第二十五条   刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。