一般都是由施工单位交的。农民工工资保证金，是指在工程开工之前，由建设工程项目审批行政部门负责通知，并监督建设单位按照工程合同价款的一定比例向银行专户存储的工资专项资金。

法律依据

《农民工工资保证金管理暂行办法》第三条

本办法所称工资保证金，是指以强制性措施要求发生过拖欠农民工工资行为的建筑施工企业，在建设项目开工前按照规定比例向民丰县劳动保障行政部门指定的银行专用账户存入的专项资金，未经劳动行政部门许可，任何单位不得减、免、缓缴工资保证金，不得动用工资保证金帐户或挪为他用。在企业未能及时支付农民工工资时，用于支付农民工工资的保障资金。