新车上牌后合格证归车管所。汽车合格证在上牌后不会返还，一般在新车上牌时，合格证需要上交车管所存档备案。车辆合格证是汽车一个非常重要的凭证，同时也是汽车上牌时必备的证件。

法律依据

《《中华人民共和国道路交通安全法》》第十条   准予登记的机动车应当符合机动车国家安全技术标准。申请机动车登记时，应当接受对该机动车的安全技术检验。但是，经国家机动车产品主管部门依据机动车国家安全技术标准认定的企业生产的机动车型，该车型的新车在出厂时经检验符合机动车国家安全技术标准，获得检验合格证的，免予安全技术检验。