案件审理原则

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条的规定，对于所有案件的判决都必须依据证据，并进行调查研究，不轻信口供。当只有被告人的供述而没有其他证据时，不能认定被告人有罪并处以刑罚。只有当被告人的供述与确实、充分的证据相一致时，才能认定被告人有罪并处以刑罚。

证据确实、充分的条件

为了认定被告人的罪行，证据必须符合以下条件：

(一) 定罪量刑的事实必须有证据证明。

(二) 所用于定案的证据必须经过法定程序的查证，确保其真实性。

(三) 综合全案证据后，对所认定的事实必须排除合理怀疑。

案件处理方式

当办案机关搜集到的证据只有被告人的供述，而其他证据确实充分时，这种情况下，虽然被告人的供述不能单独作为定罪的依据，但可以作为其他证据的佐证。在综合全案证据的基础上，如果被告人的供述与其他证据相互印证，且排除了合理怀疑，那么可以认定被告人有罪并处以相应的刑罚。

结论

根据相关法律规定，办案机关在处理主犯供从犯不是事实的情况时，必须以搜集到的证据为准。被告人的供述如果没有其他证据的支持是不能作为定罪的依据的。只有当证据确实、充分，并且符合法定程序的要求，且排除了合理怀疑，才能认定被告人有罪并处以刑罚。