根据中华人民共和国建筑法的规定，对于未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的情况，但工程已经竣工验收合格的情况下，可以对施工单位给予罚款等处罚。

根据《中华人民共和国建筑法》第七条的规定，在建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证，但是国务院建设行政主管部门确定的限额以下的小型工程除外。同时，根据国务院规定的权限和程序批准开工报告的建筑工程，不再需要领取施工许可证。根据《中华人民共和国建筑法》第九条的规定，建设单位应当自领取施工许可证之日起三个月内开工。如果因故不能按期开工，建设单位应当向发证机关申请延期，每次延期不超过三个月，最多延期两次。如果既不开工又不申请延期，或者超过延期时限，施工许可证将自行废止。根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条的规定，对于违反本法规定，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的情况，相关部门将责令改正，并对不符合开工条件的责令停止施工，同时可以处以罚款。

建筑工程施工许可证办理流程

以下是建筑工程施工许可证的办理流程：

(一) 建设单位向发证机关领取《建筑工程施工许可证申请表》。(二) 建设单位持加盖单位及法定代表人印鉴的《建筑工程施工许可证申请表》，并附上相应的证明文件，向发证机关提出申请。(三) 发证机关在收到建设单位报送的《建筑工程施工许可证申请表》和所附证明文件后，对于符合条件的申请，应当在收到申请之日起十五日内颁布发施工许可证。对于证明文件不齐全或者失效的情况，发证机关应当要求建设单位在限期内补正，并相应顺延审批时间。对于不符合条件的申请，发证机关应当在收到申请之日起十五日内书面通知建设单位，并说明理由。在建筑工程施工过程中，如果建设单位或者施工单位发生变更，应当重新申请领取施工许可证。