认定犯罪但免于处罚

根据《公务员法》第二十四条的规定，以下人员不得录用为公务员：(一)曾因犯罪受过刑事处罚。因此，如果公务员被认定犯罪但免于处罚，说明虽然存在犯罪行为，但并未受到刑事处罚，因此仍然可以保留公务员职位。然而，晋升和提升职位肯定会受到影响。一般情况下，已有职务的公务员将被撤销职务，并被安排从事临时工作。

不起诉决定的适用

根据《刑事诉讼法》第一百七十三条的规定，如果犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者符合本法第十五条规定的情形之一，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节较轻微，根据刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的情况，人民检察院可以作出不起诉决定。