他项权证的法律效力

根据法律规定，对房屋产权设置他项权的行为，并不会改变房屋的产权归属，房屋仍然归原产权人所有。因此，拥有他项权证的房屋并不在人民法院所规定的不得查封、扣押、冻结的财产之列。因此，法院对其进行查封是合法有效的。

最高人民法院关于财产查封的规定

根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第五条的规定，人民法院在执行过程中有一些财产是不得进行查封、扣押、冻结的。这些财产包括被执行人及其所扶养家属生活所必需的物品，被执行人及其所扶养家属的生活费用，被执行人及其所扶养家属完成义务教育所必需的物品，未公开的发明或者未发表的著作，被执行人及其所扶养家属用于身体缺陷所必需的辅助工具、医疗物品，被执行人所得的勋章及其他荣誉表彰的物品，根据法律规定免于查封、扣押、冻结的财产，以及其他法律或司法解释规定的不得查封、扣押、冻结的财产。

结论

因此，虽然法院查封无效的他项权证本身具有法律效力，但根据最高人民法院的规定，法院仍然有权对拥有他项权证的房屋进行查封。这是因为他项权证并不在法院规定的不得查封的财产范围内。