一、医疗事故以外原因引起的医疗赔偿纠纷

根据《中华人民共和国民法通则》第一百三十六条之“(一)身体受到伤害要求赔偿的”规定，医疗纠纷案件的诉讼时效期间应当为一年，起算时间为“从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”。然而，对于这一起算时间的理解存在争议。根据《最高人民法院关于参照<医疗事故处理条例>审理医疗纠纷民事案件的通知》，医疗事故以外原因引起的医疗赔偿纠纷适用“从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”的规定。然而，对于“知道或应当知道”的理解和判定标准存在差异。虽然表面上“知道或应当知道”并不难理解，即从权利人知道或应当知道自己权利被侵害的时候开始计算，但实际情况相当复杂。司法实践通常根据有证据表明权利人知道自己权利被侵害的日期，或者根据一般规律推定权利人知道自己权利被侵害的日期来确定起算时间。举例来说，如果一个人在胆囊切除手术后数天出现发烧、腹痛、进行性黄疸等症状，并签署了二次手术同意书进行胆肠吻合手术，那么“二次手术同意书”可以作为证据证明权利人知道自己权利被侵害的时间。又如，一般情况下，单纯性阑尾炎手术后一周即可拆线出院，但某患者却非正常住院长达一月以上。如果该患者或家属是完全行为能力人，根据一般规律可以推定该患者或家属知道或应当知道自己的权利被侵害。在这种情况下，诉讼时效的起算时间是从证据形成的时间或侵害事实发生的时间开始计算。如果既无证据证明，又不能按一般规律推定权利人知道自己权利被侵害的，诉讼时效将从发现侵害事实的实际时间开始计算。例如，一个患者在10年前进行了剖腹产手术，10年后因行阑尾炎切除术意外发现腹腔内遗留有陈旧性纱布。在这种情况下，该纠纷的诉讼时效将从意外发现的时间开始计算，而不是从人身损害的实际发生时间开始计算。

二、医疗事故引起的医疗赔偿纠纷

对于医疗事故引起的医疗赔偿纠纷，诉讼时效的争议主要集中在对“权利被侵害时”的理解上。根据现行法律规定，医疗事故引起的医疗赔偿纠纷案件必须满足一个前置条件，即已构成医疗事故。而医疗事故的确认权限专属于设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会及其以上各级医学会。在未经上述医学会的医疗事故鉴定和认定之前，医患双方均不可能“知道或者应当知道”。因此，对医疗事故赔偿纠纷而言，民法通则之“从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”应理解为“从知道或者应当知道被确认为医疗事故时起计算”。同时，医疗事故的认定是一个需要经过特定程序的鉴定过程，因此，知道或应当知道被确认为医疗事故的时间通常滞后于人身损害的实际发生时间，可能是数月、数年甚至更长时间。因此，人身损害的实际发生时间超过一年不能作为案件超过诉讼时效的抗辩理由。综上所述，医疗纠纷案件的诉讼时效起算时间大体有四种情况，分别是侵权损害发生之时、能证明知道侵权损害发生的相关证据形成之时、侵权损害事实被实际发现之时以及医疗事故被法定机构认定之时。根据具体情况，选择合适的起算时间对于医疗纠纷案件的诉讼时效的确定至关重要。