一、当事人约定的管辖法院

根据股权转让协议纠纷的特殊性，如果双方当事人在协议中明确约定了管辖法院并且该约定有效，应当依照双方的约定来确定管辖。如果没有约定或约定不明确，应当适用法律规定来确定管辖。根据法律规定，被告住所地或合同履行地的人民法院应当具有管辖权。

二、股权转让合同履行地的确定

对于被告住所地，通常不会存在歧义。而对于股权转让合同的履行地，应当是股权转让的目标公司的公司注册地。这是因为股权转让纠纷的特殊性要求转让行为必须在公司注册地的登记机关完成相关手续（对于外资企业而言，在工商变更之前还需要商务主管部门的批准，否则股权转让合同不生效）。因此，将公司注册地作为此类案件的管辖地是国际上通行的做法。

三、合同履行地的确定

根据相关法律规定，股权转让纠纷属于合同纠纷的一种，应当由被告住所地或合同履行地的人民法院管辖。根据最高法院最新的民事诉讼法司法解释，如果合同约定了履行地点，那么合同的履行地点即为合同履行地。如果合同没有约定或约定不明确，争议标的为货币支付的，合同履行地应当是货币接收方所在地；如果争议标的是不动产交付，合同履行地应当是不动产所在地；对于其他争议标的，合同履行地应当是履行义务方所在地。对于即时结清的合同，交易行为地即为合同履行地。如果合同没有实际履行，当事人双方的住所地都不在合同约定的履行地，那么被告住所地的人民法院应当具有管辖权。

四、与公司相关的纠纷的管辖问题

除了股权转让纠纷外，其他与公司有关的纠纷应当由公司住所地的人民法院管辖。根据最高法院最新的民事诉讼法司法解释，涉及公司设立、确认股东资格、利润分配、解散等纠纷的诉讼应当由公司住所地的人民法院管辖。对于涉及股东名册记载、请求变更公司登记、股东知情权、公司决议、公司合并、公司分立、公司减资、公司增资等纠纷的诉讼，依照民事诉讼法第二十六条的规定确定管辖。