合同法第28条的适用问题

根据合同法第28条的规定，货运合同是承运人按时、安全运抵目的地，托运人或收货人支付运费的合同。货运合同的直接目的是运输货物，而非一般事务处理或提供劳务。因此，存有争议的格式合同条款应当符合货运合同的特点和目的，不得涉及一般性劳务或货物之外的事项。

格式条款的解释问题

根据《中华人民共和国合同法》第四十一条的规定，对于格式条款的理解发生争议时，应当按照通常理解进行解释。如果对格式条款存在两种以上的解释，应当选择不利于提供格式条款一方的解释。此外，如果格式条款与非格式条款存在不一致的情况，应当优先采用非格式条款的规定。

根据以上规定，存有争议的格式合同条款可能存在以下问题：

1. 与货运合同目的不符：格式合同条款涉及一般性劳务或超出货运合同范围的事项，与货运合同的直接目的不一致。
2. 解释争议：对于格式条款的解释存在争议，无法达成一致意见。
3. 解释不利：格式条款存在多种解释，但提供格式条款一方无法得到有利的解释。
4. 与非格式条款不一致：格式条款与非格式条款存在不一致的情况，导致合同条款的执行产生困难。

为确保格式合同条款的有效性和合法性，当涉及上述问题时，应当根据合同法相关规定进行解释和处理。