一、参照合同约定支付工程价款

根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十六条第二款规定，如果工程转包合同被认定为无效，但是建设工程经过竣工验收合格，承包人要求按照合同约定支付工程价款的，法院应予支持。需要注意的是，这里的支付是“参照合同约定支付”，而不是“按照”合同约定支付。也就是说，支付的工程款不一定是合同约定的金额，也没有以工程定额为标准，而是通过折价补偿的方式确定建设工程的价值。

二、承包人承担修复费用

根据《解释》规定，如果工程转包合同被认定为无效，且建设工程经过竣工验收不合格，但是经过修复后的建设工程经过竣工验收合格，发包人要求承包人承担修复费用的，法院应予支持。

三、不予支付工程款

根据《解释》规定，如果工程转包合同被认定为无效，修复后的建设工程经过竣工验收不合格，承包人要求支付工程价款的，法院不予支持。

四、发包人按照过错承担相应的民事责任

根据《解释》规定，如果建设工程不合格是由发包人的过错导致的，发包人应承担相应的民事责任。

五、收缴当事人已经取得的非法所得

根据《解释》规定，在工程转包合同被认定为无效的情况下，如果承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建设工程施工企业名义与他人签订建设工程施工合同，导致建设工程施工合同无效，法院可以根据民法通则第一百三十四条的规定，收缴当事人已经取得的非法所得。

六、施工中取得资质的，按照有效合同处理

在超越资质等级的情况下，如果承包人签约时超越了资质等级许可的业务范围签订建设工程施工合同，但是在建设工程竣工前取得了相应的资质等级，当事人要求按照无效合同处理的，法院不予支持。