1、主合同无效情况下仲裁条款的独立性

根据传统观点，仲裁协议被视为一种合同，是主合同的一部分，主合同无效则仲裁条款也应无效。然而，在仲裁协议独立原则下，仲裁庭可以不理会主合同无效的异议，继续审理案件，包括对主合同是否有效的问题，并作出裁决。但是在主体不合格的情况下，情况更为复杂。例如，当一方主体缺乏民事行为能力或签订合同能力时，其在签订合同和仲裁条款时都没有行为能力，因此不能依据仲裁条款独立原则来确定仲裁庭对主合同是否有效的审理权。然而，对于不具备法人资格的法人下属机构签订的合同中订有仲裁条款的情况，仲裁庭可以审理主合同是否有效的问题，并裁决法人承担下属机构的责任。因为法人的下属机构虽然无资格签订合同，但在意思表示上不存在障碍，与不具备行为能力的自然人不同。为了保护相对人的利益，应由有责任能力的法人承担下属机构的责任，因此合同中的仲裁条款被视为独立存在。另外，根据一种学说，仲裁条款是否有效取决于主合同变为无效的时间。如果合同在签订时有效，后来才因某种原因变为无效，仲裁条款的有效性不会受到影响。然而，如果主合同自始无效，则仲裁条款无法有效存在。对于这种观点，持反对意见认为，确定主合同是否无效以及无效的时间，涉及到双方当事人的重要权益，只有通过仲裁的审理才能最终确定。如果不赋予仲裁庭依仲裁条款独立性而取得的对案件的审理权，将无法确定主合同的无效时间。

2、主合同不存在情况下仲裁条款的独立性

在主合同可能不存在的情况下，仲裁条款是否独立存在是一个更大的争议。按照一般推理，如果主合同从未有效订立过，仲裁条款是否独立于其他合同条款而有效成立就成为一个重大问题。因为从表面证据来看，一个从未订立过的合同应该包括其中的仲裁条款，整体上说就没有一个主合同，那么仲裁条款从何而来呢？然而，主合同是否存在的问题只能通过审理来弄清。在某些情况下，合同是真实存在的，只是一方当事人为了自己的利益而主张合同不存在。如果不对这种情况进行审理并作出裁决，无理的一方很容易规避仲裁，而有理的一方则丧失了通过仲裁维护利益的权利。根据一种观点，仲裁庭在受理主合同是否存在的争议时，并不是先考虑整体的主合同是否完整，然后从中分割出仲裁条款，再确立管辖权。相反，这是一个程序连贯的过程，首先审查仲裁条款的效力，决定自己是否具有管辖权，然后对主合同的整体存在与否进行分析和判断，根据双方在仲裁条款中体现的共同意愿，作出有约束力的裁决。

3、因欺诈签订的主合同无效情况下仲裁条款的独立性

欺诈、欺诈诱导、胁迫他人签订合同的行为违背了合同必须基于真实意思表示的原则，违背了合同制度的基础。根据我国《经济合同法》第七条的规定，“采取欺诈、胁迫等手段所签订的合同”是无效的。然而，在涉及这种合同的仲裁条款是否独立的问题上，遇到了更难以解释的矛盾：仲裁条款和主合同都是基于合意订立的，但由于欺诈等行为，主合同一方的意思表示不代表真实意愿，那么这种不表示真实意愿的主合同中的仲裁条款能否代表真实意愿呢？在其他情况下，可以解释仲裁条款与主合同的区别和独立存在的基础，即使主合同无效，仲裁条款仍代表双方将争议提交仲裁的真实意愿。然而，在主合同系因欺诈所订的情况下，无法确保仲裁条款代表双方的真实意愿。例如，欺诈方可能以签订仲裁条款为手段，引诱对方相信其有能力、有诚意完成某项行为，而签订主合同。此外，签订仲裁条款是否具有真实意愿是很难证明的，需要通过其他证据推断。欺诈行为是故意行为，如果在签订仲裁条款时，欺诈方真实意愿将可能因其欺诈行为而引起的纠纷提交给仲裁员仲裁，并决定其欺诈的责任，那么这种“诚实”的欺诈行为就不再是欺诈。此外，从合意的角度来看，欺诈方必须告知对方这种“诚实”的欺诈心理，并使对方知情并自愿接受，才能构成真实的合意。然而，这样也不再是欺诈。因此，按照一般的合同和合意理论，很难解释这种情况。然而，在实践中，接受仲裁条款独立原则的国家允许对这种情况进行仲裁。例如，美国通过联邦法律规定，仲裁员可以裁决主合同的有效性，包括对因欺诈诱导签订的合同的无效进行裁决。我国《仲裁法》第十九条明确规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。”虽然我国《仲裁法》没有明确列举因欺诈而无效的合同的确认，但有两种观点。一种观点认为，根据《仲裁法》颁布前的司法实践，我国对以欺诈为目的所订立的合同中的仲裁条款的效力持否定观点。另一种观点认为，我国认可因欺诈而订立的合同中的仲裁条款的效力。认可观点认为，应从实体法和程序法的区别与联系入手分析这个问题。实体法上的合同订立约束双方的行为，是民事活动，而程序法上的仲裁条款订立是对可能引起的纠纷进行处理，并由公正第三方进行裁决的行为。这个潜在的未来的第三方并不是被欺骗的一方，相反，它有义务确认这种欺诈行为，并裁决给予制裁。无论欺诈方是否意识到这一点，签订仲裁条款的行为决定了他必须在将来接受仲裁，这不会因其欺诈的意愿而改变。仲裁条款的订立会产生两个结果：1、由于仲裁条款被视为与主合同或基础合同完全不同的两个单独协议，具有独立性，因此在主合同或基础合同被确认无效的情况下，仲裁条款可以独立存在。即使在主合同或基础合同不存在的情况下，仲裁条款仍然存在。2、既然仲裁条款独立于主合同或基础合同而独立存在，那么仲裁条款与主合同或基础合同可能会受到不同的法律调整，尤其是在国际仲裁活动中。仲裁协议独立性不仅是一个理论问题，也是一个实践问题。在提请仲裁的情况下，有些案件涉及主合同的无效。根据一般推理，如果主合同无效，其中的具体条款也当然无效。然而，在订有仲裁条款的情况下，仲裁庭可以根据仲裁条款审理合同的无效问题，并作出主合同有效或无效的裁决。我国《仲裁法》第十九条已明确规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。”这表明我国在立法中已经接受了仲裁条款独立原则。然而，在实践中，这方面的问题经常出现。例如，当无法人资格的法人分支机构与他人签订合同并发生纠纷时，仲裁庭是否有权受理和裁决此类案件？仲裁庭受理并作出裁决后，人民法院是否可以根据一方当事人的申请，作出仲裁庭无权受理的撤销裁定或裁定不予执行？仲裁协议独立性涉及对仲裁协议性质的认识，以及仲裁协议与主合同之间的关系等一系列问题，既是理论问题，也是实践问题。