股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程

根据《公司法》第二十二条规定，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规是无效的。如果股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反了法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反了公司章程，股东可以在决议作出之日起六十日内向人民法院提出请求撤销决议。

股东提起诉讼的程序

根据前款规定，股东可以依法提起诉讼。在这种情况下，人民法院可以要求股东提供相应担保，以保证诉讼的进行。

公司已办理变更登记的情况

如果公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已经办理了变更登记，但在决议被宣告无效或者撤销后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。