司法赔偿的程序一般包括：受损害的当事人向赔偿义务机关提出赔偿请求；赔偿义务机关对当事人的赔偿申请进行审查；当事人对于赔偿数额等事项有异议的，可以向行政复议机关申请复议。

法律依据

《《中华人民共和国刑法》》第二十三条   赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。赔偿义务机关作出赔偿决定，应当充分听取赔偿请求人的意见，并可以与赔偿请求人就赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额依照本法第四章的规定进行协商。   赔偿义务机关决定赔偿的，应当制作赔偿决定书，并自作出决定之日起十日内送达赔偿请求人。   赔偿义务机关决定不予赔偿的，应当自作出决定之日起十日内书面通知赔偿请求人，并说明不予赔偿的理由。