公安机关尚在侦查阶段，但案件的犯罪嫌疑人死亡的，案件应当撤销；人民检察院应当不起诉。《刑事诉讼法》规定，犯罪嫌疑人、被告人死亡的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。

法律依据

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条   有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：   （一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；   （二）犯罪已过追诉时效期限的；   （三）经特赦令免除刑罚的；   （四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；   （五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；   （六）其他法律规定免予追究刑事责任的。