第一种意见：管辖约定能够约束第三方实体

根据A公司被B公司兼并的情况，债权债务应由B公司承担。同时，A公司与债权人C厂之间的管辖约定对B公司同样具有约束力。因此，B公司提出的管辖异议不能成立。

第二种意见：管辖约定不能约束第三方实体

根据A公司被B公司兼并的情况，债权债务应由B公司承担。然而，该债务是基于兼并这一法律事实而形成的另一法律关系。因此，A公司与C厂之间的管辖约定对B公司无拘束力。因此，B公司提出的管辖异议成立，本案应由B公司所在地法院管辖。

分析

我认同第二种意见，理由如下：

一、管辖约定的适用范围

根据民事诉讼法第25条规定，合同的双方当事人可以在书面合同中约定被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地的人民法院管辖。然而，这些约定仅对合同的签约双方当事人有约束力，不能约束其他人。因此，在兼并后，合同的一方当事人已不存在，约定的管辖条款自动失效。对于兼并企业的并购方，应根据原告就被告的原则确定管辖，或者适用专属管辖条款。

二、兼并后的权利和义务

根据民法通则第44条2款和合同法第90条的规定，企业法人分立、合并后，其权利和义务由变更后的法人享有和承担。然而，这些条款只涉及实体法意义上的民事权利和义务，不包括程序法意义上的诉讼权利和义务。因此，合同双方当事人约定的管辖条款只对签约的双方当事人有约束力，对兼并企业的并购方无约束力。

三、不同法律关系的存在

从法律关系的角度看，原加工合同的签约双方即A公司与C厂之间是加工承揽合同法律关系。而B公司与上述加工承揽合同并无直接联系。B公司基于兼并这一法律事实，才承继了A公司加工承揽合同项下的实体上的权利和义务，与C厂之间形成一个新的债权债务法律关系。这两种法律关系的主体和内容明显不同，因此，作为并购方的B公司与债权人C厂之间的诉讼也与A公司与C厂之间的诉讼不同。因此，B公司与C厂之间的诉讼应根据民事诉讼法的管辖规定重新确定管辖法院。

四、原告就被告的原则

根据民事诉讼法第22条的规定，一般民事案件应适用“原告就被告”的原则，即由被告住所人民法院管辖。随着企业并购事务的增多，跨省、跨地区、跨国的并购也越来越普遍。如果按照原约定的管辖条款确定管辖，既不符合民事诉讼的“两便”原则，也违背了一般民事案件原告就被告的管辖原则，对兼并方不公平，也不利于股权和财产权的流转。

结论

因此，公司并购后所承继的债权债务纠纷不再适用企业被并购前约定的管辖协议或条款。鉴于企业并购活动的增多，相关诉讼也越来越多。由于现行民事诉讼法对此类案件的管辖处理结果存在差异，应尽快通过判定相关司法解释的方法明确相应规定，以使企业并购及相关法律制度逐步完善。