司法行政部门的监督和指导

根据《中华人民共和国公证法》第五条规定，司法行政部门对公证机构、公证员和公证协会进行监督和指导。司法行政部门仅对公证机构进行监督和指导，而非其上级机构，不对公证机构的行为负责，因此不应成为行政诉讼的被告。

公证机构的法定地位

根据《中华人民共和国公证法》第六条规定，公证机构是依法设立的证明机构，不以营利为目的，独立行使公证职能并承担民事责任。根据该法第九条规定，公证机构的设立需要经过司法行政部门的批准，并颁发公证机构执业证书。因此，公证机构具有执业证书，是独立行使公证职能并承担民事责任的证明机构，而不是代表国家行使社会管理和行政执法权力，因此不应成为行政诉讼的被告。

公证机构的行为性质

根据《中华人民共和国公证法》第二条规定，公证是公证机构根据申请人的要求，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。公证机构出具公证书的行为只是一种证明性质的活动，不涉及对当事人之间权利义务关系的具体行政行为。

处理对公证文书的争议

复查和更正

根据《中华人民共和国公证法》第三十九条，当事人或公证事项的利害关系人认为公证书存在错误，可以向出具该公证书的公证机构申请复查。如果公证书的内容违法或与事实不符，公证机构应当撤销该公证书并进行公告，该公证书自始无效；如果公证书存在其他错误，公证机构应当予以更正。

民事诉讼

根据《中华人民共和国公证法》第四十条，当事人或公证事项的利害关系人对公证书的内容存在争议，可以向人民法院提起民事诉讼。因此，当事人对公证书有异议时，可以先向公证机构申请更正或撤销，如果不服可以向法院提起民事诉讼，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。