一、企业所得税

根据《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》(国税函〔2009〕118号)第二条规定，企业在满足以下两个条件时，可以将搬迁补偿收入延迟确认收入，在规划搬迁次年起五年内确认收入：1、因政府城市规划、基础设施建设等政策性原因搬迁。2、有新的投入计划或立项报告。根据提供的政府搬迁文件、搬迁协议、搬迁计划和重置固定资产的立项报告，可以得知该企业满足上述条件，因此该项收入可以不计入当年应纳税所得额，从而避免多缴企业所得税。

二、营业税

根据《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》(国税函〔2008〕277号)规定，纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级(含)以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，不征收营业税。根据《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》(国税函〔2009〕520号)的补充规定，县级以上(含)地方人民政府出具的收回土地使用权文件以及土地管理部门报经县级以上(含)地方人民政府同意后出具的收回土地使用权文件，均可作为正式文件，用于免征营业税的依据。

三、土地增值税

根据《土地增值税条例》第八条规定，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。根据《土地增值税暂行条例实施细则》第十一条规定，所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。在确定搬迁收入的土地增值税征免时，需要满足两个条件：1、是否因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准企业征用；2、如果属于“城市实施规划”而进行搬迁，还需要确定是否因旧城改造或因企业污染、扰民而由政府或政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁。通过以上解析，可以得出公司拆迁补偿费在企业所得税、营业税和土地增值税方面的应纳税处理方式。