一、成立方式的不同

根据《合同法》，合同是自然人、法人、其他组织之间建立、变更、终止民事权利义务关系的协议。借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。借款合同的成立需要双方当事人协商一致后，在合同上签字或盖章。合同成立后，根据诚实信用原则，债权债务关系实际成立并存在。借据多用于民间借贷，根据民间借贷习惯，借款人在即时履行的情况下向贷款人支付借款，贷款人持有借据作为贷款行为的证明。因此，借款合同的成立与合同义务的履行可以分开，而借据的成立与合同义务的第一次履行有直接联系。

二、持有文书的法律意义的不同

借款合同一般一式两份，双方各持一份。持有借款合同不能证明约定义务是否履行，只能证明合同成立并记录双方达成的具体内容。借据一般只由借款人写一份，并在支付贷款时交付给贷款人。贷款人持有借据可以证明贷款已支付，借款人已收到该借款。因此，持有借据与持有借款合同的法律意义不同。

三、证明是否已还款的作用不同

任何借款文书都应有偿还时间。持有借据可以证明债务人尚未偿还借款，特别是在偿还时间已过的情况下。借款合同的持有不能证明债务人是否已偿还借款，即使持有的时间已过约定的还款时间。

四、结论

借款合同与借据存在明显的区别，其持有的法律意义不同，不能等同对待。在司法实践中，债权人可以用持有借据来证明自己的主张，但是否据此定案还需质证和允许对方提出抗辩。债权人不能用持有借款合同来有效证明自己的主张，只能通过立案和举证来支持自己的主张，但一旦对方不予认可，则主张不应被司法机关支持。