当事人自行协商

合同发生纠纷时，当事人可以根据协议条款约定的规定，选择请第三方单位或个人居中进行调解。这种调解与仲裁程序和诉讼程序中的调解方式有所不同。双方当事人在第三方调解下达成的调解协议书并不具备法律上的强制执行效力。也就是说，如果任何一方当事人不履行协议，另一方当事人不能以该调解书为依据向人民法院申请强制执行。

向仲裁委员会申请仲裁

如果合同的双方当事人不愿意协商、调解或协商、调解不成，他们可以选择仲裁或诉讼。仲裁的前提条件是必须存在仲裁条款或仲裁协议。仲裁条款是指当事人在订立合同时，表示愿意将可能发生的争议交由仲裁机构解决的一项专门条款。而仲裁协议则是事后达成的与主合同相对独立的协议，合同的变更、解除、终止和无效并不影响仲裁协议的效力。无论是当事人之间订有仲裁条款还是事后达成仲裁协议，都可以依此向有管辖权的仲裁委员会申请仲裁，排除诉讼程序。

向人民法院起诉

合同发生纠纷后，当事人经过自行协商、调解无果，并且合同中没有仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议的情况下，可以向人民法院提起诉讼。根据我国《民事诉讼法》的规定，工程承包合同应由工程所在地人民法院管辖。人民法院在收到起诉状后，经审查认为符合起诉条件，依法组成合议庭进行审理。当事人只能选择仲裁或诉讼这两种途径中的一种。无论选择仲裁还是诉讼，仲裁机构作出的仲裁裁决和人民法院作出的判决在法律效力上是相同的。一旦仲裁裁决或法院判决生效，当事人必须执行。如果一方当事人不履行，另一方当事人可以向人民法院申请强制执行。从这一点来看，选择仲裁和选择诉讼没有太大区别。然而，需要注意的是，仲裁庭的组成具有特殊性，当事人双方可以各自选择或委托仲裁委员会主任指定一名仲裁员，再共同选定或委托仲裁委员会主任指定一名首席仲裁员，组成仲裁庭对纠纷进行仲裁。而法院审理案件时，不允许当事人自由选择审判员或审判长。此外，中国国际经济贸易仲裁委员会在国际上享有很高的声誉，尤其是在处理涉外纠纷方面。因此，虽然仲裁采用的是“一次裁决”制度，即裁决具有终局性，当事人不能通过复议或诉讼来改变原裁决，但仲裁可以保证裁决的质量。