行为人被免除刑事处罚的会留有案底。只要是实施了犯罪行为，依法被提起公诉，经人民法院作出判决的罪犯，都会有案底。但犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。

法律依据

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十六条   犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。   犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。