货物运输合同纠纷的原因分别会有下列情形：运输货物的单证纠纷；运输货物损失、灭失的纠纷；运输货物延迟交付纠纷；运输货物运杂费纠纷；运输工具损害纠纷；法律规定或当事人约定的其他内容的纠纷。

法律依据

《《中华人民共和国民法典》》第四百七十条   【合同主要条款与示范文本】合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：   （一）当事人的姓名或者名称和住所；   （二）标的；   （三）数量；   （四）质量；   （五）价款或者报酬；   （六）履行期限、地点和方式；   （七）违约责任；   （八）解决争议的方法。   当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。

《《中华人民共和国民法典》》第八百零九条   【运输合同定义】运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。