什么情况下要补缴耕地占用税

减免税范围有限定，不属于免税范围的要征税

根据耕地占用税政策规定，经批准征用的耕地用于铁路线路的，可以免征耕地占用税。铁路线路包括铁路线路本身以及两侧留地和沿线的车站、装卸用货场仓库用地。然而，铁路系统其他用地，如堆货场、仓库、招待所、职工宿舍等，不在免税范围之内。

铁路线路等占用耕地要征收耕地占用税

根据新修订的《耕地占用税暂行条例》第九条规定，铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道占用耕地，应按每平方米2元的税额征收耕地占用税。但是，在国务院财政、税务主管部门商国务院有关部门并报国务院批准后，可以对上述情形免征或减征耕地占用税。根据《耕地占用税暂行条例实施细则》第十三条规定，减税的铁路线路范围限于铁路路基、桥梁、涵洞、隧道及其两侧留地。对于专用铁路和铁路专用线占用耕地的情况，应按照当地适用税额缴纳耕地占用税。

从上述政策可以得知，免税或减税的铁路线路范围限于铁路路基、桥梁、涵洞、隧道及其两侧留地。其他用地，如果不是直接为农业生产服务的，都应按照规定征收耕地占用税。耕地占用税的计税依据是纳税人实际占用的耕地面积，根据规定的适用税额标准计算应纳税额，一次性征收。

不再属于减免情形的要补税

根据新修订的《耕地占用税暂行条例》第十一条规定，如果纳税人改变原占地用途，不再属于免征或减征耕地占用税的情形，应当按照当地适用税额补缴耕地占用税。根据《财政部、国家税务总局关于耕地占用税减免税补征税款等问题的批复》规定，对于享受减免税后改变原占地用途的纳税人，应按照办理减免税时的适用税额补缴耕地占用税。

已缴纳税款的耕地在补办占地手续时不再征税

根据《财政部、国家税务总局关于耕地占用税减免税补征税款等问题的批复》，对于未经批准占用耕地但已经缴纳耕地占用税的情况，在补办占地手续时，不再征收耕地占用税。