你好，农村已经签订了土地的转让协议书，但

根据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。同时，农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。这体现了农村宅基地流转的严格限制。
《不动产登记暂行条例》规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
征收补偿规定
《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，为了保障国家安全、促进国民经济和社会发展等公共利益的需要，确需征收房屋的，由市、县级人民政府作出房屋征收决定。同时，征收单位或个人的房屋及其他不动产，应当依法给予拆迁补偿，维护被征收人的合法权益。
《中华人民共和国土地管理法实施条例》规定，征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
二、收集证据
土地转让协议书
找出与对方签订的土地转让协议书，这是证明土地权益转让关系的关键证据。仔细查看协议书的内容，包括双方当事人的信息（姓名、身份证号、联系方式等）、转让土地的位置、范围、价款、付款方式及时间等条款。确保协议书上有双方的签字或盖章，以证明其真实性和有效性。
付款凭证
如果已经按照转让协议支付了相关款项，要收集付款凭证，如收据、银行转账记录等。这些凭证可以证明你已经履行了土地转让协议中的付款义务，进一步增强你对土地权益的主张。
土地使用情况证明
收集能够证明你对这块土地实际使用情况的证据，如在土地上种植农作物的照片、视频，对土地进行平整、修建简易设施（如临时棚、围栏等）的证据，或者有周围邻居、村委会成员等能够证明你使用该土地情况的人证。这些证据可以帮助说明你一直实际占有和使用该土地，形成事实上的权利关系。
历史遗留问题证据（如果有）
如果这块土地的转让是由于历史遗留问题导致的，例如继承了长辈的土地使用权利后转让，或者在过去较长时间内一直使用该土地等情况，要收集相关的证据，如老一辈人的遗嘱、村集体档案中关于土地使用情况的记录、以往收取或缴纳土地相关费用的凭证等。这些证据有助于还原土地权利的形成过程，为你的主张提供更有力的支持。
三、与征收部门沟通协商
主动沟通情况
携带收集好的证据，主动与征收部门沟通。向征收部门工作人员详细说明土地转让的情况，包括转让的时间、过程、协议内容以及你实际使用土地的情况。要求征收部门重新审查该土地的性质和你的权益情况，将你提供的证据纳入考虑范围。
提出合理诉求
根据土地的市场价值和征收补偿标准，提出合理的补偿诉求。可以参考周边类似土地的征收补偿案例，结合土地的位置、肥力、利用现状等因素，要求征收部门给予相应的土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费等。同时，如果因为土地征收导致你的居住、生活受到影响，还可以提出合理的安置请求，如要求提供住房安置或给予搬迁补贴等。
四、寻求上级政府部门协调
向当地政府反映情况
如果与征收部门的沟通没有取得满意的结果，可以向当地政府（如乡镇政府、县政府等）反映情况。提交书面材料，详细说明问题的来龙去脉、与征收部门的沟通情况以及你的诉求。请求政府出面协调解决土地征收补偿纠纷，督促征收部门依法合理处理。
请求行政复议或行政裁决（如果适用）
如果认为征收部门的处理决定侵犯了你的合法权益，可以根据《中华人民共和国行政复议法》的规定，向上一级主管部门申请行政复议。在申请行政复议时，要明确阐述行政复议的请求（如要求撤销征收部门的错误决定、重新确定补偿方案等）、事实和理由（基于前面收集的证据），并附上相关证据材料。
五、通过法律途径解决
咨询律师
如果与政府部门的沟通协调无果，可以考虑咨询专业律师。律师可以根据具体情况为你提供详细的法律建议，包括分析你在该土地转让和征收过程中的法律地位、可能的法律风险以及可行的维权途径等。例如，律师可能会建议你提起行政诉讼，要求法院判决征收部门重新审查土地性质和补偿方案；或者根据土地转让协议提起民事诉讼，要求对方配合办理不动产登记手续并承担相应责任。
提起诉讼
根据律师的建议，选择合适的诉讼方式。如果是针对征收部门的行政行为不服，可以提起行政诉讼。在行政诉讼中，要严格按照法律程序提供证据、陈述理由，要求法院判决征收部门依法履行职责，给予合理的征收补偿。如果是基于土地转让协议产生的纠纷，可以提起民事诉讼。在民事诉讼中，要求对方继续履行合同义务，协助办理不动产登记手续，并根据合同约定承担违约责任。同时，可以要求对方赔偿因无法办理不动产登记手续而导致的土地征收补偿损失。
总之，面对农村土地转让未登记遇征收补偿难的问题，要积极行动，通过了解法规、收集证据、沟通协商、寻求政府协调及必要的法律途径来维护自身合法权益。