一、认定两集土地使用证的程序

1. 土地登记申请和发证程序

根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五条规定，单位和个人依法使用的国有土地，应向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请。县级以上人民政府将进行土地登记造册，并核发国有土地使用权证书，确认使用权。对于中央国家机关使用的国有土地，登记发证由国务院土地行政主管部门负责，具体办法由国务院土地行政主管部门会同国务院机关事务管理局等有关部门制定。

2. 取得土地使用权的登记程序

根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十一条规定，以出让或划拨方式取得土地使用权的，应向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记。经县级以上地方人民政府土地管理部门核实后，由同级人民政府颁发土地使用权证书。

3. 土地变更登记程序

根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第六条规定，依法改变土地所有权、使用权的，若因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请。原土地登记机关将依法进行土地所有权、使用权的变更登记。土地所有权、使用权的变更自变更登记之日起生效。若依法改变土地用途，必须持有批准文件，并向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行变更登记。

二、农村土地使用证办理程序

1. 申请阶段

1）农村村民个人向所属乡镇国土资源管理所提出申请，并领取土地登记申请审批表。2）提交个人身份证或农村居民户口簿复印件一份。3）提交土地权属材料。对于82年5月14日以前取得的土地使用权，需提交村、队权属来源证明书；对于82年5月14日以后取得的土地使用权，需提交农村建房使用证；对于97年4月以后取得的土地使用权，需提交农村建房申请书、农村建设用地批准书等。

2. 调查阶段

乡镇国土资源管理所将对申请者的用地进行地籍调查、地籍测量、申请人现场指界、邻宗地签字盖章，并填写地籍调查表，绘制宗地草图。

3. 审核阶段

首先，乡镇国土资源管理所将进行审核，然后报县国土资源局审核。审核内容包括用地材料的合法性、用地界线的争议情况以及用地面积的准确性。

4. 审批阶段

经审核符合“用地面积清楚，界址准确，权属合法，无争议”原则的申请，可批准并进行张榜公布。在公布一个月内无单位或个人对其提出争议的情况下，县人民政府将颁发集体土地使用证。