犯罪的刑罚

根据刑法规定，犯聚众扰乱军事管理区秩序罪的首要分子将被判处三年以上七年以下的有期徒刑。其他积极参加者将被判处三年以下的有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利。

刑事责任的追究对象

聚众扰乱军事管理区秩序罪只对首要分子和积极参加者追究刑事责任，而不对一般参与者追究刑事责任。首要分子是指在聚众扰乱军事管理区秩序犯罪活动中起组织、策划、指挥作用的犯罪分子。积极参加者是指主动参加扰乱军事管理区秩序犯罪活动，并在实施犯罪中起到重要作用或有其他犯罪行为的人。

剥夺政治权利的附加刑

对于聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子，除了判处主刑外，通常还会附加剥夺政治权利的刑罚。

聚众扰乱军事管理区秩序罪的认定

区分本罪与非罪的界限

聚众扰乱军事管理区秩序罪以情节严重、致使军事管理区工作无法进行、造成严重损失作为犯罪构成要件。在认定时，这三个条件必须同时具备，缺一不可。如果情节轻微，尚不足以构成刑事处罚的，将按照《治安管理处罚条例》第十九条进行处罚。

区分本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限

聚众扰乱社会秩序罪是指聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业、教学和科研无法进行，造成严重损失的行为。两罪在犯罪主体、主观方面和客观方面相似，但主要区别在于：一是犯罪客体不同，前者侵犯的直接客体是军事管理区秩序，后者侵犯的直接客体是社会管理秩序；二是犯罪对象不同，前者的犯罪对象是军事管理区，后者的犯罪对象是非军事管理区。