运输货物损失赔偿纠纷的处理：承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任，对于赔偿金额，当事人有约定的，按照其约定；当事人协商不成，可以请求相关机构进行调解；合同中有仲裁条款的，可以向仲裁机构申请仲裁；以上方式无法解决纠纷的，可以向人民法院起诉。

法律依据

《《中华人民共和国民法典》》第八百三十三条   【确定货物赔偿额】货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定；没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。