丈夫失踪后妻子不可以协议离婚，如果丈夫失踪下落不明，只可以向人民法院起诉离婚，人民法院会依法受理并判决准予离婚，对下落不明人用公告送达诉讼文书。

法律依据

《《中华人民共和国民法典》》第一千零七十九条   【诉讼离婚】夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。   人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。   有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：   （一）重婚或者与他人同居；   （二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；   （三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；   （四）因感情不和分居满二年；   （五）其他导致夫妻感情破裂的情形。   一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。   经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。