刑事诉讼法应赋予犯罪嫌疑人、被告人变更刑事强制措施的申请权

明确规定申请变更刑事强制措施的权利

根据《刑事诉讼法》的规定，被采取了刑事强制措施的犯罪嫌疑人、被告人有权申请变更，即当他们认为公安机关、人民检察院采取的刑事强制措施不当时，可以申请变更。被申请的机关应当组织听证会，由公安机关的法制部门或者人民检察院的批捕部门组织。申请人及其聘请的律师、案件承办人应当参加听证会。公安机关的法制部门或者人民检察院的批捕部门在充分听取申请方与案件承办方的意见后，作出是否变更刑事强制措施的决定。

明确逮捕后发现重要罪行重新计算侦查羁押期限的审批程序

此外，《刑事诉讼法》应明确规定，在羁押期限内发现犯罪嫌疑人另有重要罪行而重新计算侦查羁押期限的情况下，应当报检察院审查批准，而不应仅由公安机关负责人决定。

赋予犯罪嫌疑人、被告人对被超期羁押的申告权

明确申告权的行使方式

根据《刑事诉讼法》的规定，犯罪嫌疑人、被告人被超期羁押的情况下，被羁押的犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属、受聘请的律师有权提出申告。如果羁押决定是公安机关作出的，则向人民检察院申告；如果羁押决定是人民检察院作出的，则向人民法院申告。人民检察院、人民法院接到申告后，经审查认为确属超期羁押的，应即作出决定，要求原决定机关在规定时间内变更强制措施或将犯罪嫌疑人、被告人释放。如果原决定机关逾期不执行决定，人民检察院或者人民法院有权作出释放被羁押人的决定。

明确看守所的监督职责

《刑事诉讼法》还应规定执行羁押任务的看守所监督超期羁押的职责。羁押期限届满前十天，看守所应当书面告知办案单位，提醒其应在法定期限内办理延长手续或者变更强制措施。对于超期羁押的情况，看守所应当及时向人民检察院或者人民法院报告。

将超期羁押行为明确规定为犯罪

超期羁押行为的定性

为了彻底杜绝超期羁押，有必要将超期羁押行为明确规定为犯罪。超期羁押实质上是未经有权机关或者人员批准的羁押，其实质就是非法拘禁。根据《刑法》第二百三十八条的规定，非法拘禁他人或者以其他方法非法剥夺他人人身自由的行为构成非法拘禁罪。在我国，由于未确定无罪推定原则以及对犯罪嫌疑人、被告人人权轻忽的现状，公安司法机关及其人员，甚至社会上普遍的观点均认为，被羁押的人是涉嫌犯罪的人或者被指控犯罪的人，对这些人即使超期羁押也无碍大局，公安、检察人员是因办案而对这些人超期羁押，有时也是无奈，因而并不认为超期羁押行为构成了犯罪。然而，这种认识是错误的。如果这种认识逻辑能够成立，那么，《刑事诉讼法》就不必规定侦查羁押期限，刑讯逼供也同样不构成犯罪。因此，将超期羁押行为明确规定为犯罪，有利于根绝超期羁押的问题。