开店，跟其中两个主要股东签订了保底协议，

根据《中华人民共和国公司法》第二十八条，股东应当按照公司章程的规定，按期足额缴纳各自所认缴的出资额。此外，根据《最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定(三)》第十三条第1款，如果股东未履行或未全面履行出资义务，公司或其他股东可以请求该股东向公司全面履行出资义务。同时，根据第十七条第1款的规定，如果有限责任公司的股东未按章程规定履行出资义务，公司可以以股东会决议的形式解除该股东的股东资格。

因此，如果被清退的股东是由于未履行出资义务而被解除股东资格的，这可能意味着该股东已经违反了其在保底协议中的义务。在这种情况下，剩余的股东可能需要独自承担补齐投资款的责任，除非保底协议中有其他特殊条款规定了不同的情况。