工程转包纠纷的处理如下：施工完毕且验收合格的可以按照合同约定价款或者按照实际结算，价款差额不予支付；施工完毕但验收不合格的经修复验收合格按照上述办法结算，经修复验收不合格不予支付；尚未施工完毕合同被确认无效的应当停止施工，视已经完成的工程量是否合格依据上述办法结算。

法律依据

《民法典》第七百九十三条 建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理： （一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用； （二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。 发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。